Topolánkovo vítězství v roce 2006 bylo začátek jeho konce

V červnu 2006 ODS získala 35,38 % hlasů, což byl její nejlepší výsledek v historii. Mirek Topolánek tak završil úspěšné vedení občanských demokratů, se kterými se mu dařilo zvítězit v eurovolbách, komunálních i regionálních volbách a rovněž i ve volbách do Senátu. Druhá sociální demokracie skončila s 32,32 %, což byl ale nejvyšší volební zisk ČSSD do dolní komory. Strana vedená Jiřím Paroubkem se dokázala za necelé dva roky dostat z řádově desetiprocentních preferencí na více než třicetiprocentní výsledek. Do sněmovny se jako třetí dostali komunisté, za nimi lidovci a jako nováček i Strana zelených s pouhými šesti poslanci.

Do poslední chvíle nebyl jistý výsledek, určitou dobu se dokonce zdálo, že ČSSD a KSČM budou mít ve sněmovně těsnou většinu 101 hlasů. Konečné sečtení hlasů a přepočet na mandáty však levicovému bloku přisoudil 100 křesel a na středopravý blok zbylo rovněž 100 mandátů.

Prezident Klaus pověřil sestavením vlády předsedu ODS Mirka Topolánka jako vítěze voleb. Ten v létě 2006 po vleklých neúspěšných jednáních sestavil jednobarevnou vládu ODS, která vystřídala dosluhující kabinet vedený Jiřím Paroubkem. Důvěru poslanců však nezískal a jednání o podobě nové vlády pokračovala. Stejně zablokovaná byla jednání o obsazení postů v Poslanecké sněmovně. Prozatímním předsedou komory se stal sociální demokrat Miloslav Vlček s tím, že definitivní podoba vedení sněmovny bude následovat po schválení vlády. Nestalo se tak a Vlček v čele dolní parlamentní komory zůstal celé čtyři roky, i když se spekulovalo o tom, že do jeho křesla měl usednout Paroubek.

Šéf sociální demokracie paralelně jednal s občanskými demokraty i dalšími subjekty. Po zdánlivě se rýsující dohodě s ODS překvapivě s tehdejším předsedou KDU-ČSL Miroslavem Kalouskem oznámili, že lidovci budou tolerovat menšinovou vládu ČSSD tolerovanou i komunisty. Kalousek to zdůvodnil snahou zabránit velké koalici ODS a ČSSD a nové "opoziční smlouvě". V KDU-ČSL se však v regionech vzedmula vlna odporu proti jakékoliv spolupráci s KSČM a projekt stál Kalouska post šéfa strany.

Na konci roku se nakonec dohodla ODS s KDU-ČSL a Stranou zelených na trojkoaliční vládě, která byla jmenována v lednu 2007, hlasy potřebné pro získání důvěry v Poslanecké sněmovně dodali "přeběhlíci" z ČSSD, poslanci Miloš Melčák a Michal Pohanka. Koaliční partneři měli v kabinetu dohromady stejný počet ministrů jako ODS, která měla v parlamentu mnohem více poslanců. Lidovci navíc získali ministerstvo financí a zelení ministerstvo zahraničí. Za tyto a další programové ústupky byl Topolánek uvnitř vlastní strany silně kritizovaný a získal si první nepřátele ve vlastním klubu. Pro dosavadního ministra financí z jednobarevné vlády a autora ekonomického programu ODS Vlastimila Tlustého totiž v kabinetu nenašel místo a jeho post obsadil lidovec Miroslav Kalousek. Tlustý pak byl jedním z nehlasitějších kritiků trojkoaliční vlády a přispěl nakonec i k jejímu pádu na jaře roku 2009.

Spolupráce v koalici znamenala pnutí i v menších stranách. V lidové straně nahradil Kalouska vsetínský senátor Jiří Čunek, který svými kauzami kredit vlády nezlepšoval, KDU-ČSL navíc nedokázala zabezpečit podporu pro koaliční návrhy, poslanci Jiří Carbol a Ludvík Hovorka protestovali proti vládní zdravotní reformě. Klub Strany zelených se nakonec rozpadl, když odešly poslankyně Věra Jakubková a Olga Zubová. Zelení měli problém například s podporou americké protiraketové základny.

Topolánkova vláda se potýkala od počátku kromě problémů se zablokovanou sněmovnou i aférami svých členů. Nevyjasněný případ korupce šéfa lidovců Jiřího Čunka vedl až k výrokům typu „justiční mafie“ a dalším obviněním.

Nejednota vlády se projevila i při volbě prezidenta v zimě 2008, kdy se koalice nedokázala dohodnout na společném kandidátovi ODS Václavu Klausovi. Část lidovců podporovala Klause, zelení ale Jana Švejnara, kterého navrhla ČSSD. Volba byla spojena se zákulisním vyjednáváním, a okolnosti vzbuzovaly řadu otazníků. Hotelová kamera například zaznamenala schůzku prezidentova kancléře Jiřího Weigla s lobbistou Miroslavem Šloufem. Senátor Josef Novotný tvrdil, že se ho při volbě někdo snažil ovlivnit, senátorky Liana Janáčková a Jana Juřenčáková poštou obdržely nábojnice, poslanci Josefu Kalbáčovi se náhle udělalo nevolno poté, co ho na toaletách vyděsil neznámý muž. Poslankyně Olga Zubová se ke klíčové volbě nedostavila a pomohla tím Klausovi proti vlastnímu kandidátovi.

Ve sněmovně od počátku proti sobě stály dva bloky, koalice z počátku funkčního období vlády dokázala své návrhy prosadit s pomocí přeběhlíků. Postupně se situace stávala nepřehlednější, protože loajalitu začali vypovídat i poslanci koalice. Již zmíněné Jakubková a Zubová opustily zelené. Po aféře Morava a hlasování proti koalici skončili mimo klub ODS i Vlastimil Tlustý, Jan Schwippel a Juraj Raninec. Koncem roku 2009 tak v dolní komoře operovala skupina až deseti poslanců, u nichž nebylo jisté, jak budou hlasovat.

Předsednictví Česka v radě EU nepředcházela žádná dohoda mezi vládou a opozicí. Na jaře se Jiří Paroubek opět pokusil vyslovit nedůvěru vládě, za pomoci nezařazených zákonodárců mu tento pokus v březnu 2009 vyšel. Topolánkův kabinet padnul. Zemi měla k předčasným volbám dovést překlenovací úřednická vláda. Její složení dohodla ODS, ČSSD a Strana zelených. Do čela kabinetu se postavil šéf Českého statistického úřadu Jan Fischer.

Čáru přes rozpočet ovšem politickým stranám udělal Ústavní soud, když předčasné volby zrušil. Sněmovna se urychleně dohodla na ústavní novele umožňující volby znovu vyhlásit, ale na poslední chvíli možnost předčasných voleb odmítl Jiří Paroubek s tím, že hrozí další spor u Ústavního soudu.

Sněmovnu na podzim 2009 ovládaly problémy spojené s ekonomickou krizí. Poslanci levice nechali projít Janotův úsporný balíček, když ministr i premiér pohrozili demisí, ale pozdějšími pozměňovacími návrhy jej zcela popřeli. Schůze dolní komory se tak stávaly přehlídkou populistických vystoupení z obou stran a legislativní proces fakticky skončil. Na jaře 2010 premiér Fischer po schůzce se šéf politických stran prosadil, aby parlament přijal některé nutné předlohy, ale jinak schůze opanovaly populistické návrhy kombinované obstrukcemi ze strany pravicových stran.

Po toskánské aféře, kdy se v médiích v létě 2009 objevily fotografie z dovolené Topolánka a dalších politiků ODS s lobbisty a představiteli ČEZ na jachtě v Itálii, Topolánkově odchodu ze sněmovny, nevhodných mediálních vystoupeních, po výsledcích jednání s ČSSD a padajících preferencích, stále více zesiloval tlak na šéfa občanských demokratů zevnitř strany. Pomyslnou poslední kapkou se stal neformální rozhovor při fotografování pro gay časopis Lui, ve kterém Topolánek pronesl některé kontroverzní výroky na adresu homosexuálů, Židů a církve. Širší vedení strany ho stáhlo z čela jihomoravské volební kandidátky a donutilo ho rezignovat na post předsedy strany. Jeho pravomoce převzal do kongresu strany Petr Nečas.