Jihoafrická varianta covidu: Proč se svět bojí mutace omikron a co o ní zatím víme?

Podle jihoafrického vědce Tulia de Oliveiry, který je také členem týmu Světové zdravotnické organizace (WHO) monitorujícího nové varianty, byla poprvé detekována 12. listopadu. Od té doby se podílí na prudkém rozmachu koronavirové infekce v Jihoafrické republice, byť tam zatím počty odhalených nákaz zůstávají relativně nízké. Prvotní zjištění nasvědčují tomu, že se šíří zejména v nejlidnatější provincii Gauteng, podle listu Financial Times začala rychle dominovat mezi sekvencovanými vzorky koronaviru.

Kromě JAR byla zachycena také v Botswaně a Hongkongu, kam ji zřejmě zavlekl cestující z Jihoafrické republiky. První výskyt oznámil i Izrael, přičemž nakaženým je podle prohlášení ministerstva zdravotnictví člověk, který přicestoval z Malawi. První výskyt této mutace v Evropě potvrdila Belgie.

To co předvádí nová varianta B 1.1.529 v JAR nevypadá pro svět vůbec dobře. Rychlost s jakou nastoupila výrazně předčila i deltu. pic.twitter.com/nKd5x1LO21

— Rasti Madar (@RastiMadar) November 25, 2021

Kolem vlastností B.1.1.529 v tuto chvíli panuje značná míra nejistoty, dosavadní poznatky nicméně podle řady odborníků jsou důvodem ke znepokojení a dalšímu bádání. Varování vyplývají zejména z velkého počtu mutací, který by mohl mít za následek větší nakažlivost a schopnost obcházet lidskou imunitu.

Vědci odhalili 32 mutací v takzvaném spike proteinu, což je prvek, který koronaviru pomáhá pronikat do lidských buněk. Spike protein je zároveň částí viru, která u většiny současných vakcín slouží jako prostředek pro vybudování imunity vůči viru SARS-CoV-2. Podle deníku The Guardian je počet detekovaných mutací v tomto směru zhruba dvojnásobný oproti koronavirové variantě delta, která je spojována s letošními silnými vlnami pandemie v Indii, Evropě či Spojených státech.

Na 3D modelu spikového proteinu koronaviru SARS-CoV-2 je vidět 37 mutací nové jihoafrické varianty B.1.1.529, z nich jsem spočítal, že 18 brání vazbě vytvořených protilátek a 8 ovlivňuje vazbu na ACE2 receptor. Několik mutací je zcela nových doposud nepopsaných. pic.twitter.com/Szo3xk2hNH

— O Šerý (@omarsery1) November 26, 2021

"Tato varianta nás překvapila, je to velký skok v evoluci, mnohem víc mutací, než jsme očekávali," řekl o B.1.1.529 de Oliveira na čtvrtečním brífinku jihoafrického ministerstva zdravotnictví. Hovořil při tom o "velmi nezvyklé konstelaci" mutací. Zatímco některé z nich se zdají být nové, jiné už experti zaznamenali u dalších koronavirových variant, které jsou spojovány s vyšší nakažlivostí či schopností obcházet části imunitní reakce, píše deník The Wall Street Journal.

Díky mutacím by pro ni mohlo být snazší překonat imunitu a být nakažlivější. "To co předvádí nová varianta B 1.1.529 v JAR nevypadá pro svět vůbec dobře. Rychlost, s jakou nastoupila, výrazně předčila i deltu," napsal na twitteru epidemiolog Rastislav Maďar.

Jak účinné jsou proti nové variantě aktuálně používané vakcíny, zatím není jasné. Jihoafričtí vědci stále zjišťují, zda se šíří hlavně mezi neočkovanými a zda infekce častěji vede k vážnému průběhu covidu-19. "Profil mutací vyvolává obavy, teď ale musíme pracovat na tom, abychom skutečně pochopili význam téhle varianty a co znamená pro postup proti téhle pandemii," uvedl de Oliveirův kolega z výzkumného týmu KwaZulu-Natal Research Innovation and Sequencing Platform Richard Nessels.

Jako biologovi mne prijde fascinujici, ze B.1.1.529 SARS-CoV-2 varianta nasbirala v S proteinu v radu mesicu vic mutaci, nez protein, ktery studujeme, nasbiral za poslednich 500 milionu let behem evoluce obratlovcu. Ale dobra zprava to neni.

— Petr Svoboda (@SvobodaLab) November 26, 2021

Evoluční biolog Jaroslav Flégr také uvedl, že zatím není jasné, jestli na novou variantu zabírají vakcíny. "Je však jisté, že by na ni zabíralo masivní preventivní PCR testování. Vytvořme právní a technické zázemí pro testování milionu osob za den, testujme všechny žáky a zaměstnance a žádná mutanta nás neohrozí," napsal na twitteru.

Koronavirus SARS-CoV-2 při šíření mezi lidmi neustále mutuje stejně jako jiné viry, přičemž nikdy není hned jasné, zda se daná varianta celosvětově prosadí. "Všichni, kdo to sledují, musí pochopit, že čím víc tenhle virus cirkuluje, tím víc má příležitostí k proměnám, tím více mutací uvidíme," komentovala ve čtvrtek vývoj kolem B.1.1.529 epidemioložka WHO Maria van Kerkhoveová.

Zda na novou jihoafrickou variantu viru zabírají vakcíny, ještě nevíme. Je však jisté, že by na ní zabíralo masivní preventivní PCR testování. Vytvořme právní a technické zázemí pro testování milionu osob/den, testujme všechny žáky a zaměstnance a ŽÁDNÁ mutanta nás neohrozí.

— Jaroslav Flegr (@FlegrJaroslav) November 26, 2021

"Jako biologovi mně přijde fascinující, ze B.1.1.529 SARS-CoV-2 varianta nasbírala v S proteinu v řádu měsíců víc mutací než protein, který studujeme, nasbíral za posledních 500 milionů let během evoluce obratlovců. Ale dobrá zpráva to není," napsal na twitteru buněčný a molekulární biolog Ústavu molekulární genetiky Akademie věd ČR Petr Svoboda.

Původní variantu z čínského Wuchanu vytlačily postupně další, nakažlivější. Od regionálního označení podle zemí, kde byly poprvé popsány, se ustoupilo k písmenům řecké abecedy. Původně britská, dnes alfa varianta, byla čtyřikrát nakažlivější než původní SARS-CoV-2, v Česku převládla v prosinci loňského roku. Na jaře ji pak začala nahrazovat delta, ještě 2,5krát nakažlivější než alfa. Podle Státního zdravotního ústavu delta tvoří asi 95 procent případů a prosazují se i její subvarianty.