Před 25 lety vyhlásil Havel rozsáhlou amnestii, strhla se vlna kritiky

První polistopadová amnestie se týkala vězňů odsouzených k trestům odnětí svobody do dvou let, v případě neúmyslných trestných činů dokonce tří let. U vyšších trestů byl odsouzeným pobyt za mřížemi zkrácen o třetinu až polovinu. Rozhodnutí hlavy státu dále zastavilo stíhání osob, jimž hrozily maximálně tři roky vězení. Amnestie se však nevztahovala na pachatele vražd, znásilnění, loupeží a některých dalších trestných činů. Netýkala se ani vězňů odsouzených jako zvlášť nebezpeční recidivisté.

Na konci roku 1989 pobývalo ve věznicích na území České republiky 22.365 osob, včetně zhruba 3000 obviněných. Podle statistiky Institutu pro kriminologii a sociální prevenci bylo v lednu 1990 na základě amnestie propuštěno 12.600 odsouzených a 1200 obviněných. Během roku 1990 k nim přibyli ještě vězni, kteří se dostali na svobodu díky zkrácení trestu.

Pokud jde o Československo jako celek, dosáhl počet osob propuštěných na amnestii zhruba 23.000. Tento údaj zahrnuje kromě odsouzených i osoby propuštěné z vazby.

Už bezprostředně po vyhlášení amnestie se na veřejnosti ozývaly hlasy kritizující rozhodnutí hlavy státu. "Ano, byla opravdu velkorysá. Bylo ale třeba dát jasně najevo, že se zásadně mění poměry a že se chceme rozejít i se vším pokleslým, čím se vyznačovala komunistická justice", napsal Václav Havel o řadu let později. Připustil však, že společnosti nebyla amnestie řádně vysvětlena.

Rozsáhlý pardon vyvolal u veřejnosti obavu ze zvýšení kriminality. K němu skutečně došlo, je však otázkou, zda to byl přímý důsledek amnestie. Možnou odpověď nabízí výzkum, který v roce 1991 provedl Institut pro kriminologii a sociální prevenci (IKSP). Z jeho šetření vyplynulo, že k 31. srpnu 1990 tvořili amnestovaní, kteří se znovu dopustili trestné činnosti, pouze osm procent z celkového počtu známých pachatelů v České republice (na Slovensku dokonce o jeden procentní bod méně). Na Silvestra 1991 pak amnestovaní, kteří se znovu ocitli za mřížemi, představovali čtvrtinu osazenstva českých káznic. Na základě těchto a dalších dat dospěla studie IKSP k závěru, že amnestie nepředstavovala rozhodující faktor vzestupu kriminality v letech 1990 a 1991.

Během let strávených na Pražském hradě vyhlásil Václav Havel ještě další dvě amnestie, vždy po zvolení do funkce. V roce 1993 amnestoval hlavně nedbalostní trestné činy. Z věznic tehdy bylo propuštěno asi 130 lidí. O pět let později rozhodl o omilostnění osob, jež byly poprvé trestně stíhány nebo byly prvně odsouzeny za méně závažné trestné činy. Věznice díky tomu opustilo 955 obviněných a odsouzených.

Havlův nástupce v prezidentské funkci, Václav Klaus, žádnou amnestii u příležitosti svého zvolení neudělil. O to větší kritiku ale sklidil v lednu 2013, kdy vyhlásil amnestii ke 20. výročí vzniku samostatné České republiky. Na jejím základě bylo z věznic předčasně propuštěno skoro šest a půl tisíce osob. Mnohem větší nevoli ale u veřejnosti vyvolal takzvaný aboliční článek, jímž prezident zastavil stíhání trvající déle než osm let u trestných činů se sazbou do deseti let vězení. Rozhodnutí totiž dopadlo na řadu případů hospodářské trestné činnosti s vysokou škodou.